Το 1974 ο αδελφός Θεόδωρος Κόκας γνώρισε τον Κύριο στο Cleveland της Αμερικής. Ένα χρόνο μετά, πήρε την απόφαση να επιστρέψει στον τόπο του, τη Σάμο, όπου πίστεψε και σώθηκε και η σύζυγός του.
Το 1976 ξεκίνησε στο σπίτι του αδελφού Κόκα η κατ' οίκον συνάθροιση της Ελευθέρας Αποστολικής Εκκλησίας Πεντηκοστής (ΕΑΕΠ) Σάμου. Αργότερα, το 1977, καθώς ο Κύριος πρόσθεσε ψυχές, ενοικιάστηκε η αίθουσα όπου πραγματοποιείται έως και σήμερα η συνάθροιση της εκκλησίας μας.

Η σημασία των λέξεων του ονόματος είναι:  

• «Ελευθέρα»: διότι είναι αυτοκέφαλη, δηλαδή δεν εξαρτάται ούτε δογματικά αλλά και ούτε οικονομικά από καμία άλλη οργάνωση ή ιεραποστολή ελληνική ή εξωτερικού.
• «Αποστολική»: διότι ο στόχος της είναι η λειτουργία της και η ζωή της να ταυτίζεται με την εκκλησία των αποστόλων του Ιησού Χριστού.
• «Εκκλησία»: διότι θέλει να αποτελεί το «σώμα Χριστού»
• «Πεντηκοστής»: διότι αποδέχεται την έκχυση του Αγίου Πνεύματος όπως έγινε στα πρώτα αποστολικά χρόνια, και στην οδηγία του Αγίου Πνεύματος

Η ΕΑΕΠ Σάμου εντάσσεται στην ευρύτερη κοινότητα της ΕΑΕΠ στην Ελλάδα.